底质恶化的主要危害
导致大量有毒有害物质产生
池塘底部过多有机物在兼性厌*菌的发酵会产生大量有毒有害物质，如如氨、甲烷、有机酸、低级胺类、硫醇等，这些物质大都对水产养殖动物有着不同程度的毒害作用，容易引起鱼类免疫系统紊乱或是正常代谢受阻。
导致底部病原菌大量滋生造成池塘疾病爆发
池塘底泥本就是一些寄*虫和条件致病菌的的温床，一旦底质恶化，这些寄*虫及致病菌就会趁机大量繁殖，当数量达到致病数量时，而酸化的底部也会使一些体质弱的鱼群抵抗力下降，最终引发池塘疾病。
无论“生物型底改”还是“化学氧化型底改”，他们改良底质的核心原理都是一样的：
通过氧化作用使池塘底部的有机质和有害物质分解为无机*毒的物质。只不过“生物型底改”是通过生物氧化的途径，而后者是通过化学氧化的途径。前者的缺点是作用时间慢，而且需要大量的载体以促进有益菌在池底形成生物膜。而化学氧化型底改只要少量的载体将有效物质投放到作业面即池塘底部，就可以通过氧化剂自身在底部的扩散作用（0.1克的纯过硫酸氢钾复合盐的作业面可达一平方米）达到用量低的目的。
不良底质
“浑浊”底质
形成原因：有机质残留过多，且得不到充分氧化分解，以胶体形式释放并悬浮于水体中，造成水质“浑浊”；或养殖密度过大，水产动物在底部不断骚动，引起水质“浑浊”；或因暴雨夹带大量粘土浆，引起水质“浑浊”。“浑浊”水质，悬浮沉降到底部，必然引起底质“浑浊”；另外，“浑浊”水质会遮蔽藻类光合作用，使水体自净能力减弱，使致病微生物大量繁殖，造成病害。